MALDI Biotyper – MBT SMART: urychlení a zkvalitnění diagnostiky mikroorganismů
Ostravská bakteriologická laboratoř jako první v ČR diagnostikuje bakterie metodou MALDI-TOF na novém přístroji MALDI Biotyper SMART. Ostravští mikrobiologové tak pokračují v mnohaleté snaze zdokonalit a urychlit diagnostiku použitím technik, které nahrazují klasické kultivační metody založené na schopnostech mikroorganismů vyrábět taxonomicky významné produkty, například enzymy.
Jedna cesta vedla k metodám molekulární genetiky. V první polovině devadesátých let jsme začali požívat genové hybridizační sondy v diagnostice izolátů klinicky významných mykobakterií, posléze i mykobakterií či chlamydií přímo ve vzorku. Dnes rutinně provádíme amplifikační reakce typu PCR a taxonomicky významné namnožené úseky neznámé bakteriální DNA sekvenujeme (stanovujeme pořadí nukleotidů), a tak i určujeme. Dokonce i ty mikroorganismy, které nejsme schopni vykultivovat.
Druhá cesta vedla k zavádění přístrojových analyticko-chemických technik pro stanovení různých složek mikrobiální buňky. V druhé půli devadesátých let jsme jako první v ČR použili v bakteriální diagnostice metodu stanovení esterů mastných kyselin buněčné stěny plynovou chromatografii, tzv. Sherlock Microbial ID Systém (MIDI).
Od roku 2011 se zabýváme metodou hmotnostní spektrometrie MALDI TOF, používanou k průkazu ribozomálních proteinů mikroorganismů v systému MALDI Biotyper (Bruker). Tato metoda je založena na rozdělení nabitých částic podle jejich molekulových hmotností v elektromagnetickém poli. Ke stanovení vyšších molekulových hmotností se používá ionizace laserem za přítomnosti matrice (MALDI, matrix assisted laser desorption/ionization) v kombinaci s detektorem doby letu (TOF, time-of-light). Detektor umožňuje změřit dobu průletu a z ní lze vypočítat rychlost částice. Dostáváme tak spektrum taxonomicky významných proteinů, které srovnáváme se spektry typickými pro daný druh. Doba diagnostiky izolátu se zkrátí ze dne na minuty. Zaznamenali jsme i výrazné zkvalitnění diagnostiky na úrovni rodové i druhové, neboť řadu bakterií nelze klasickými, dříve rutinně využívanými, biochemickými testy spolehlivě rozlišit.
V březnu 2017 jsme začali jako první v ČR diagnostikovat na hmotnostním spektrometru nové generace MALDI Biotyper-MBT SMART. Nový přístroj je vybaven výkonnějším vakuovým systémem a špičkovou laserovou technologií SMARTBEAM, což minimálně o polovinu zkracuje čas měření. Za hodinu tak můžeme diagnostikovat až 600 kmenů. Otevírají se i nové možnosti v rychlé detekci mykobakterií, mikroskopických hub, různých typů rezistence k antibiotikům, k další subtypizaci izolátů pro epidemiologické využití a v rychlém, tj. během hodiny, stanovení původce sepse přímo v hemokultuře.
Bližší informace o této metodě, jejím použití a interpretaci výsledků poskytne odborný garant ostravské bakteriologické laboratoře Mgr. Tereza Prokopová.
18.4.2017
klinických laboratoří
- Průkaz mikroorganizmů metodou polymerázové řetězové reakce (PCR)
- Manuál pro odběr a transport biologického materiálu v souvislosti s výskytem nového viru chřipky A (H1N1)
- Průkaz Legionella pneumophila v klinickém materiálu
- Diagnostika mykobakterií - Pokyny k odběru vzorků z prostředí
- Možnosti mikrobiologické diagnostiky dávivého kašle
- Pro gynekology: Vyšetření GBS aneb screening Streptococcus agalactiae v těhotenství
- Diagnostika hantavirových infekcí
- Vyšetření infekčnosti klíšťat
- Diagnostika urogenitálních mykoplazmat
- PCR diagnostika - průkaz RNA HEV
- PCR diagnostika – průkaz DNA leptospir
- PCR diagnostika – průkaz DNA Toxoplasma gondii
- Vyšetřování rizikových nákaz
- Stanovení shiga toxinů u kmenů Escherichia coli
- MALDI Biotyper – MBT SMART: urychlení a zkvalitnění diagnostiky mikroorganismů
- Covid-19 Antigenní test pro samoplátce
- Covid-19 PCR test pro samoplátce
- Covid-19 test protilátek
- Diagnostika viru opičích neštovic
- Urgentní (statimová) vyšetření metodou PCR
- Pokyny pro odběr na průkaz Legionella spp
